第百六十五条の五の二（特定の内部取引に係る恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算）

第六十条の三第一項（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）に規定する有価証券等又は同条第二項に規定する未決済信用取引等若しくは同条第三項に規定する未決済デリバティブ取引に係る契約を贈与、相続又は遺贈により非居住者に移転をした日の属する年分の所得税につき確定申告書を提出し、又は決定を受けた者（その相続人を含む。）は、当該確定申告書又は決定に係る年分の総所得金額のうちに同条第六項前段（同条第七項の規定により適用する場合を含む。）の規定の適用がある当該有価証券等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額若しくは雑所得の金額、当該未決済信用取引等の決済による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は当該未決済デリバティブ取引の決済による事業所得の金額若しくは雑所得の金額が含まれていることにより、当該年分の所得税につき前条第一項各号に掲げる場合に該当することとなるときは、第六十条の三第六項各号に掲げる場合に該当することとなつた日から四月以内に、税務署長に対し、更正の請求をすることができる。

２前項の規定は、第六十条の三第八項（同条第十項において準用する場合を含む。）の規定の適用がある同条第八項に規定する猶予適用相続人並びに同条第十項第一号に規定する個人及び同項第二号に掲げる者について準用する。この場合において、前項中「同条第六項前段（同条第七項の規定により適用する場合を含む。）」とあるのは「同条第八項（同条第十項において準用する場合を含む。）」と、「第六十条の三第六項各号に掲げる場合に該当することとなつた日」とあるのは「第六十条の三第八項又は第十項に規定する譲渡若しくは決済又は限定相続等による移転の日」と読み替えるものとする。

３第一項の規定は、第六十条の三第十一項の規定の適用がある同項に規定する猶予適用贈与者又は猶予適用相続人の適用被相続人等について準用する。この場合において、第一項中「同条第六項前段（同条第七項の規定により適用する場合を含む。）」とあるのは「同条第十一項」と、「第六十条の三第六項各号に掲げる場合に該当することとなつた日」とあるのは「当該贈与の日又は相続の開始の日から五年を経過する日（当該贈与、相続又は遺贈に係る第六十条の三第十一項に規定する猶予適用贈与者又は猶予適用相続人が第百三十七条の三第三項（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例の適用がある場合の納税猶予）の規定により同条第一項又は第二項の規定による納税の猶予を受けている場合にあつては、十年を経過する日）」と読み替えるものとする。

居住者が相続又は遺贈により取得した第六十条の二第一項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）に規定する有価証券等の譲渡をした場合において、当該譲渡の日以後に当該相続又は遺贈に係る被相続人の当該相続の開始の日の属する年分の所得税につき、同条第六項本文（同条第七項の規定により適用する場合を含む。次項において同じ。）若しくは第六十条の三第六項前段（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）（同条第七項の規定により適用する場合を含む。次項において同じ。）の規定の適用があつたこと又は第百五十一条の六第一項（遺産分割等があつた場合の修正申告の特例）の規定による修正申告書の提出若しくは次条の規定による更正の請求に基づく更正があつたことにより、次の各号に掲げる場合に該当し、かつ、当該居住者の当該譲渡の日の属する年分の所得税につき第百五十三条の二第一項各号（国外転出をした者が帰国をした場合等の更正の請求の特例）に掲げる場合に該当することとなるときは、当該居住者（その相続人を含む。）は、それぞれ次の各号に定める日から四月以内に、税務署長に対し、当該譲渡の日の属する年分の所得税について更正の請求をすることができる。

２居住者が相続又は遺贈によりその契約の移転を受けた第六十条の二第二項に規定する未決済信用取引等又は同条第三項に規定する未決済デリバティブ取引の決済をした場合において、当該決済の日以後に当該相続又は遺贈に係る被相続人の当該相続の開始の日の属する年分の所得税につき、同条第六項本文若しくは第六十条の三第六項前段の規定の適用があつたこと又は第百五十一条の六第一項の規定による修正申告書の提出若しくは次条の規定による更正の請求に基づく更正があつたことにより、次の各号に掲げる場合に該当し、かつ、当該居住者の当該決済の日の属する年分の所得税につき第百五十三条の二第一項各号に掲げる場合に該当することとなるときは、当該居住者（その相続人を含む。）は、それぞれ次の各号に定める日から四月以内に、税務署長に対し、当該決済の日の属する年分の所得税について更正の請求をすることができる。

相続の開始の日の属する年分の所得税につき第六十条の三第一項から第三項まで（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）の規定の適用を受けた居住者について生じた第百五十一条の六第一項（遺産分割等があつた場合の修正申告の特例）に規定する遺産分割等の事由により、非居住者に移転した相続又は遺贈に係る同項に規定する対象資産が減少し、又は増加したことに基因して、当該居住者の当該相続の開始の日の属する年分の所得税につき第百五十三条の二第一項各号（国外転出をした者が帰国をした場合等の更正の請求の特例）に掲げる場合に該当することとなるときは、その相続人は、当該遺産分割等の事由が生じた日から四月以内に、税務署長に対し、更正の請求をすることができる。

第六十条の二第一項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）に規定する国外転出の日の属する年分の所得税につき確定申告書を提出した者（その相続人を含む。）は、第九十五条の二第一項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例に係る外国税額控除の特例）（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定の適用がある同条第一項に規定する外国所得税を納付することとなることにより、当該年分の所得税につき第百五十三条の二第一項第一号（国外転出をした者が帰国をした場合等の更正の請求の特例）に掲げる場合に該当することとなるときは、当該外国所得税を納付することとなる日から四月以内に、税務署長に対し、更正の請求をすることができる。

所得税に係る更正又は決定については、国税通則法第二十四条から第二十六条まで（更正・決定）に規定する事項のほか、第百二十条第一項第六号又は第七号（確定所得申告）に掲げる事項についても行うことができる。この場合において、当該事項につき更正又は決定をするときは、同法第二十八条第二項及び第三項（更正又は決定の手続）中「税額等」とあるのは、「税額等並びに所得税法第百二十条第一項第六号又は第七号（確定所得申告）に掲げる事項」とする。

２所得税につき更正又は決定をする場合における国税通則法第二十八条第一項に規定する更正通知書又は決定通知書には、同条第二項又は第三項に規定する事項を記載するほか、その更正又は決定に係る第百二十条第一項第一号に掲げる金額又は第百二十三条第二項第一号（確定損失申告）に掲げる純損失の金額についての第二条第一項第二十一号（定義）に規定する所得別の内訳を付記しなければならない。

税務署長は、居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額若しくは山林所得金額又は純損失の金額の更正をする場合には、その居住者の帳簿書類を調査し、その調査によりこれらの金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。ただし、次に掲げる場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。

２税務署長は、居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額若しくは山林所得金額又は純損失の金額の更正（前項第一号に規定する事由のみに基因するものを除く。）をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。

税務署長は、居住者に係る所得税につき更正又は決定をする場合には、その者の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその者の各年分の各種所得の金額又は損失の金額（その者の提出した青色申告書に係る年分の不動産所得の金額、事業所得の金額及び山林所得の金額並びにこれらの金額の計算上生じた損失の金額を除く。）を推計して、これをすることができる。

税務署長は、次に掲げる法人の行為又は計算で、これを容認した場合にはその株主等である居住者又はこれと政令で定める特殊の関係のある居住者（その法人の株主等である非居住者と当該特殊の関係のある居住者を含む。第四項において同じ。）の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その居住者の所得税に係る更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その居住者の各年分の第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで（確定所得申告）、第百二十二条第一項第一号から第三号まで（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号（確定損失申告）に掲げる金額を計算することができる。

２前項の場合において、法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、同項に規定する行為又は計算の事実のあつた時の現況によるものとする。

３第一項の規定は、同項各号に掲げる法人の行為又は計算につき、法人税法第百三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認）若しくは相続税法第六十四条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）又は地価税法（平成三年法律第六十九号）第三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）の規定の適用があつた場合における第一項の居住者の所得税に係る更正又は決定について準用する。

４税務署長は、合併（法人課税信託に係る信託の併合を含む。）、分割（法人課税信託に係る信託の分割を含む。）、現物出資若しくは法人税法第二条第十二号の五の二に規定する現物分配又は同条第十二号の十六に規定する株式交換等若しくは株式移転（以下この項において「合併等」という。）をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人（当該合併等により交付された株式又は出資を発行した法人を含む。以下この項において同じ。）の行為又は計算で、これを容認した場合には当該合併等をした法人若しくは当該合併等により資産及び負債の移転を受けた法人の株主等である居住者又はこれと第一項に規定する特殊の関係のある居住者の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その居住者の所得税に関する更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その居住者の各年分の第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで、第百二十二条第一項第一号から第三号まで又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号に掲げる金額を計算することができる。

法人に十五以上の支店、工場その他の事業所がある場合において、その事業所の三分の二以上に当たる事業所につき、その事業所の所長、主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人が前に当該事業所において個人として同一事業を営んでいた事実があるときは、その法人の各事業所における資金の預入及び借入れ、商品の仕入れ及び販売その他の取引のすべてがその法人の名で行なわれている場合を除き、税務署長は、当該各事業所の主宰者が当該各事業所から生ずる収益を享受する者であると推定して、更正又は決定をすることができる。

居住者の各年分の所得税につき更正（当該所得税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この条及び次条において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第百二十二条第一項第一号若しくは第二号（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第六号若しくは第七号（確定損失申告）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その者に対し、その増加した部分の金額に相当する所得税を還付する。

２前項の場合において、同項の規定による還付金の額の計算の基礎となつた第百二十二条第一項第二号又は第百二十三条第二項第七号に規定する源泉徴収税額のうちにまだ納付されていないものがあるときは、前項の規定による還付金の額のうちその納付されていない部分の金額に相当する金額については、その納付があるまでは、還付しない。

３第一項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の更正等の日の翌日以後一月を経過する日（当該更正等が次の各号に掲げるものである場合には、当該各号に定める日。以下この項において「一月経過日」という。）（当該一月経過日後に納付された前項に規定する源泉徴収税額に係る還付金については、その納付の日）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

４第一項の規定による還付金を同項の更正等に係る年分の所得税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の所得税については、延滞税を免除するものとする。

５前三項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

居住者の各年分の所得税につき更正等があつた場合において、その更正等により第百二十二条第一項第三号（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第八号（確定損失申告）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その者に対し、その増加した部分の金額に相当するこれらの規定に規定する予納税額（次項から第四項までにおいて「予納税額」という。）を還付する。

２税務署長は、前項の規定による還付金の還付をする場合において、同項に規定する年分の予納税額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、同項の規定により還付される予納税額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。

３第一項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の規定により還付すべき予納税額の納付の日（その予納税額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日。第二号において「充当日」という。）までの期間とする。ただし、その年分の所得税に係る確定申告期限（その確定申告期限後にその予納税額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から次に掲げる日のうちいずれか早い日までの日数は、当該期間に算入しない。

４第一項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた予納税額に係る年分の所得税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の所得税については、延滞税を免除するものとする。

５第二項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。

６前三項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

この編において「国内源泉所得」とは、次に掲げるものをいう。

２前項第一号に規定する内部取引とは、非居住者の恒久的施設と事業場等との間で行われた資産の移転、役務の提供その他の事実で、独立の事業者の間で同様の事実があつたとしたならば、これらの事業者の間で、資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引（資金の借入れに係る債務の保証、保険契約に係る保険責任についての再保険の引受けその他これらに類する取引として政令で定めるものを除く。）が行われたと認められるものをいう。

３恒久的施設を有する非居住者が国内及び国外にわたつて船舶又は航空機による運送の事業を行う場合には、当該事業から生ずる所得のうち国内において行う業務につき生ずべき所得として政令で定めるものをもつて、第一項第一号に掲げる所得とする。

租税条約（第二条第一項第八号の四ただし書（定義）に規定する条約をいう。以下この条において同じ。）において国内源泉所得につき前条の規定と異なる定めがある場合には、その租税条約の適用を受ける者については、同条の規定にかかわらず、国内源泉所得は、その異なる定めがある限りにおいて、その租税条約に定めるところによる。この場合において、その租税条約が同条第一項第六号から第十六号までの規定に代わつて国内源泉所得を定めているときは、この法律中これらの号に規定する事項に関する部分の適用については、その租税条約により国内源泉所得とされたものをもつてこれに対応するこれらの号に掲げる国内源泉所得とみなす。

２恒久的施設を有する非居住者の前条第一項第一号に掲げる所得を算定する場合において、租税条約（当該非居住者の同号に掲げる所得に対して租税を課することができる旨の定めのあるものに限るものとし、当該非居住者の恒久的施設と事業場等との間の同号に規定する内部取引から所得が生ずる旨の定めのあるものを除く。）の適用があるときは、同号に規定する内部取引には、当該非居住者の恒久的施設と事業場等との間の利子（これに準ずるものとして政令で定めるものを含む。）の支払に相当する事実その他政令で定める事実は、含まれないものとする。

前二条に定めるもののほか、国内源泉所得の範囲に関し必要な事項は、政令で定める。

非居住者に対して課する所得税の額は、次の各号に掲げる非居住者の区分に応じ当該各号に定める国内源泉所得について、次節第一款（非居住者に対する所得税の総合課税）の規定を適用して計算したところによる。

２次の各号に掲げる非居住者が当該各号に定める国内源泉所得を有する場合には、当該非居住者に対して課する所得税の額は、前項の規定によるもののほか、当該各号に定める国内源泉所得について第三節（非居住者に対する所得税の分離課税）の規定を適用して計算したところによる。

前条第一項各号に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得について課する所得税（以下この節において「総合課税に係る所得税」という。）の課税標準及び所得税の額は、当該各号に定める国内源泉所得について、別段の定めがあるものを除き、前編第一章から第四章まで（居住者に係る所得税の課税標準、税額等の計算）（第四十四条の三（減額された外国所得税額の総収入金額不算入等）、第四十六条（所得税額から控除する外国税額の必要経費不算入）、第六十条の四（外国転出時課税の規定の適用を受けた場合の譲渡所得等の特例）、第七十三条から第七十七条まで（医療費控除等）、第七十九条から第八十五条まで（障害者控除等）、第九十三条（分配時調整外国税相当額控除）、第九十五条（外国税額控除）及び第九十五条の二（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例に係る外国税額控除の特例）を除く。）の規定に準じて計算した金額とする。

２前条第一項第一号に掲げる非居住者の同号イに掲げる国内源泉所得（以下この款において「恒久的施設帰属所得」という。）に係る各種所得の金額につき前項の規定により前編第二章第二節第一款及び第二款（各種所得の金額の計算）の規定に準じて計算する場合には、次に定めるところによる。

３前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

非居住者が第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定の適用を受けた年の翌年以後七年内の各年においてこれらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となつた同条第一項に規定する外国所得税の額が減額された場合には、その減額された金額のうちその減額されることとなつた日の属する年分における同項から同条第三項までの規定による控除の適用に係る部分に相当する金額として政令で定める金額は、その者の当該年分の恒久的施設帰属所得につき前条第一項の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額、一時所得の金額又は雑所得の金額の計算上、総収入金額に算入しない。この場合において、その減額された金額から当該政令で定める金額を控除した金額は、その者の当該年分の同項の規定により準じて計算する雑所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。

非居住者の各年の恒久的施設に係る純資産の額として政令で定めるところにより計算した金額が、当該非居住者の純資産の額に相当する額のうち当該恒久的施設に帰せられるべき金額として政令で定めるところにより計算した金額に満たない場合には、当該非居住者のその年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（これに準ずるものとして政令で定めるものを含む。）の額として政令で定める金額のうち、その満たない金額に対応する部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、当該非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。

２前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

非居住者が第百六十五条の六第一項（非居住者に係る外国税額の控除）に規定する控除対象外国所得税の額につき同条又は第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する第百三十八条第一項（源泉徴収税額等の還付）の規定の適用を受ける場合には、当該控除対象外国所得税の額は、その者の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。

非居住者が第百六十五条第二項第二号（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定の適用を受ける場合において、同号に規定する政令で定めるところにより配分した金額（以下この条において「配賦経費」という。）につき、その配分に関する計算の基礎となる書類その他の財務省令で定める書類の保存がないときは、その書類の保存がなかつた配賦経費については、その非居住者の各年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。

２税務署長は、配賦経費の全部又は一部につき前項の書類の保存がない場合においても、その保存がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該書類の提出があつた場合に限り、その書類の保存がなかつた配賦経費につき同項の規定を適用しないことができる。

非居住者の恒久的施設と第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する事業場等との間で同項第三号、第五号又は第七号に掲げる国内源泉所得（政令で定めるものを除く。）を生ずべき資産の当該恒久的施設による取得又は譲渡に相当する内部取引（同項第一号に規定する内部取引をいう。以下この項において同じ。）があつた場合には、当該内部取引は当該資産の当該内部取引の直前の価額として政令で定める金額により行われたものとして、当該非居住者の各年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により前編第一章及び第二章（居住者に係る所得税の課税標準の計算等）の規定に準じて不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算する。

２前項の規定の適用がある場合の非居住者の恒久的施設における資産の取得価額その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

恒久的施設を有する非居住者が各年において第百七十六条第三項（信託財産に係る利子等の課税の特例）に規定する集団投資信託の収益の分配の支払を受ける場合（恒久的施設帰属所得に該当するものの支払を受ける場合に限る。）には、当該収益の分配に係る分配時調整外国税（同項に規定する外国の法令により課される所得税に相当する税で政令で定めるものをいう。）の額で同項又は第百八十条の二第三項（信託財産に係る利子等の課税の特例）の規定により当該収益の分配に係る所得税の額から控除された金額のうち当該非居住者が支払を受ける収益の分配に対応する部分の金額として政令で定める金額に相当する金額（次項において「分配時調整外国税相当額」という。）は、控除限度額（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により第八十九条から第九十二条まで（税率及び配当控除）の規定に準じて計算したその年分の所得税の額に相当する金額として政令で定める金額をいう。）を限度として、その年分の所得税の額から控除する。

２第九十三条第二項（分配時調整外国税相当額控除）の規定は、分配時調整外国税相当額につき前項の規定による控除をする場合について準用する。

３第一項の規定により控除する金額は、第百六十五条第一項の規定により準じて計算する課税総所得金額に係る所得税の額、課税山林所得金額に係る所得税の額又は課税退職所得金額に係る所得税の額から順次控除する。この場合において、当該控除する金額がその年分の所得税の額を超えるときは、当該控除する金額は、当該所得税の額に相当する金額とする。

４前二項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

恒久的施設を有する非居住者が各年において外国所得税（第九十五条第一項（外国税額控除）に規定する外国所得税をいう。以下この項及び第六項において同じ。）を納付することとなる場合には、恒久的施設帰属所得に係る所得の金額につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する第八十九条から第九十二条まで（税率及び配当控除）の規定及び前条の規定により計算したその年分の所得税の額のうち、その年において生じた国外所得金額（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額のうち国外源泉所得に係るものとして政令で定める金額をいう。）に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額（以下この条において「控除限度額」という。）を限度として、その外国所得税の額（第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得につき課される外国所得税の額に限るものとし、非居住者の通常行われる取引と認められないものとして政令で定める取引に基因して生じた所得に対して課される外国所得税の額その他政令で定める外国所得税の額を除く。以下この条において「控除対象外国所得税の額」という。）をその年分の所得税の額から控除する。

２恒久的施設を有する非居住者が各年において納付することとなる控除対象外国所得税の額がその年の控除限度額と地方税控除限度額として政令で定める金額との合計額を超える場合において、その年の前年以前三年内の各年（次項において「前三年以内の各年」という。）の控除限度額のうちその年に繰り越される部分として政令で定める金額（以下この項において「繰越控除限度額」という。）があるときは、政令で定めるところにより、その繰越控除限度額を限度として、その超える部分の金額をその年分の所得税の額から控除する。

３恒久的施設を有する非居住者が各年において納付することとなる控除対象外国所得税の額がその年の控除限度額に満たない場合において、その前三年以内の各年において納付することとなつた控除対象外国所得税の額のうちその年に繰り越される部分として政令で定める金額（以下この項において「繰越控除対象外国所得税額」という。）があるときは、政令で定めるところにより、当該控除限度額からその年において納付することとなる控除対象外国所得税の額を控除した残額を限度として、その繰越控除対象外国所得税額をその年分の所得税の額から控除する。

４第一項に規定する国外源泉所得とは、第百六十一条第一項第一号に掲げる所得のうち次のいずれかに該当するものをいう。

５租税条約（第二条第一項第八号の四ただし書に規定する条約をいう。以下この項において同じ。）において国外源泉所得（第一項に規定する国外源泉所得をいう。以下この項において同じ。）につき前項の規定と異なる定めがある場合には、その租税条約の適用を受ける非居住者については、同項の規定にかかわらず、国外源泉所得は、その異なる定めがある限りにおいて、その租税条約に定めるところによる。

６非居住者が納付することとなつた外国所得税の額につき第一項から第三項までの規定の適用を受けた年の翌年以後七年内の各年において当該外国所得税の額が減額された場合におけるその減額されることとなつた日の属する年のこれらの規定の適用については、政令で定めるところによる。

７第九十五条第十項及び第十一項の規定は、非居住者が納付することとなる控除対象外国所得税の額につき、第一項から第三項までの規定による控除をする場合について準用する。この場合において、同条第十項中「第一項の規定は」とあるのは「第百六十五条の六第一項（非居住者に係る外国税額の控除）の規定は」と、「に第一項」とあるのは「に同条第一項」と、「、控除対象外国所得税の額」とあるのは「、同項に規定する控除対象外国所得税の額（以下この項及び次項において「控除対象外国所得税の額」という。）」と、「、第一項」とあるのは「、同条第一項」と、同条第十一項中「第二項及び第三項」とあるのは「第百六十五条の六第二項及び第三項」と、「、繰越控除限度額又は繰越控除対象外国所得税額」とあるのは「、同条第二項に規定する繰越控除限度額（以下この項において「繰越控除限度額」という。）又は同条第三項に規定する繰越控除対象外国所得税額（以下この項において「繰越控除対象外国所得税額」という。）」と、「申告書等に当該各年の控除限度額」とあるのは「申告書等に当該各年の控除限度額（同条第一項に規定する控除限度額をいう。以下この項において同じ。）」と読み替えるものとする。

８第一項から第三項までの規定による控除をすべき金額は、第百六十五条第一項の規定により準じて計算する課税総所得金額に係る所得税の額、課税山林所得金額に係る所得税の額又は課税退職所得金額に係る所得税の額から順次控除する。

９前三項に定めるもののほか、第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

前編第五章及び第六章（居住者に係る申告、納付及び還付）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての申告、納付及び還付について準用する。この場合において、第百十二条第二項（予定納税額の減額の承認の申請手続）中「取引」とあるのは「取引（恒久的施設を有する非居住者にあつては、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に該当するものを含む。）」と、「同項」とあるのは「前項」と、第百二十条第一項（確定所得申告）中「外国税額控除」とあるのは「第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除」と、同項第三号中「第三章（税額の計算）」とあるのは「第三章（第九十三条（分配時調整外国税相当額控除）及び第九十五条（外国税額控除）を除く。）（税額の計算）並びに第百六十五条の五の三（非居住者に係る分配時調整外国税相当額の控除）及び第百六十五条の六」と、同条第六項中「山林所得を生ずべき業務」とあるのは「山林所得を生ずべき業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。以下この項において「特定業務」という。）」と、「雑所得を生ずべき業務」とあるのは「雑所得を生ずべき特定業務」と、「業務に」とあるのは「特定業務に」と、「ならない」とあるのは「ならないものとし、国内及び国外の双方にわたつて業務を行う非居住者が同項の規定による申告書を提出する場合には、収入及び支出に関する明細書で財務省令で定めるものを当該申告書に添付しなければならないものとする」と、第百二十二条第一項第一号（還付等を受けるための申告）中「外国税額控除」とあるのは「第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除」と、同条第二項中「第九十五条第二項又は第三項（外国税額控除）」とあるのは「第百六十五条の六第二項又は第三項」と、第百二十三条第二項第六号（確定損失申告）中「第九十五条（外国税額控除）」とあるのは「第百六十五条の六（非居住者に係る外国税額の控除）」と、第百四十三条（青色申告）中「業務」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）」と、第百四十四条（青色申告の承認の申請）中「業務を開始した場合」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）を開始した場合」と、第百四十五条第二号（青色申告の承認申請の却下）中「取引」とあるのは「取引（恒久的施設を有する非居住者にあつては、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に該当するものを含む。第百四十八条第一項及び第百五十条第一項第三号（青色申告の承認の取消し）において同じ。）」と、第百四十七条（青色申告の承認があつたものとみなす場合）中「業務」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）」と読み替えるものとする。

恒久的施設を有する非居住者は、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得（以下この条において「恒久的施設帰属所得」という。）を有する場合において、当該非居住者が他の者との間で行つた取引のうち、当該非居住者のその年の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する各種所得の金額の計算上、当該取引から生ずる所得が当該非居住者の恒久的施設に帰せられるものについては、財務省令で定めるところにより、当該恒久的施設に帰せられる取引に係る明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類を作成しなければならない。

２恒久的施設を有する非居住者は、恒久的施設帰属所得を有する場合において、当該非居住者の第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等と恒久的施設との間の資産の移転、役務の提供その他の事実が同号に規定する内部取引に該当するときは、財務省令で定めるところにより、当該事実に係る明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類を作成しなければならない。

前編第七章（居住者に係る更正の請求の特例）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求について準用する。

前編第八章（居住者に係る更正及び決定）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての更正又は決定について準用する。

税務署長は、第百六十四条第一項第一号イ（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得を有する非居住者の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該国内源泉所得に係る各種所得の金額の計算上控除する金額の増加、当該国内源泉所得に係る所得に対する所得税の額から控除する金額の増加、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に係る利益の額の減少又は損失の額の増加その他の事由によりその非居住者の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その非居住者の所得税に関する更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その非居住者の各年分の第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで（確定所得申告）、第百二十二条第一項第一号から第三号まで（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号（確定損失申告）に掲げる金額を計算することができる。

第百六十四条第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得については、他の所得と区分して所得税を課するものとし、その所得税の課税標準は、その支払を受けるべき当該国内源泉所得の金額（次の各号に掲げる国内源泉所得については、当該各号に定める金額）とする。

前条に規定する所得税の額は、同条に規定する国内源泉所得の金額に百分の二十（当該国内源泉所得の金額のうち第百六十一条第一項第八号及び第十五号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得に係るものについては、百分の十五）の税率を乗じて計算した金額とする。

第百六十九条（課税標準）に規定する非居住者が第百六十一条第一項第十二号ハ（国内源泉所得）の規定に該当する退職手当等（第三十条第一項（退職所得）に規定する退職手当等をいう。以下この節において同じ。）の支払を受ける場合には、その者は、前条の規定にかかわらず、当該退職手当等について、その支払の基因となつた退職（その年中に支払を受ける当該退職手当等が二以上ある場合には、それぞれの退職手当等の支払の基因となつた退職）を事由としてその年中に支払を受ける退職手当等の総額を居住者として受けたものとみなして、これに第三十条及び第八十九条（税率）の規定を適用するものとした場合の税額に相当する金額により所得税を課されることを選択することができる。

第百六十九条（課税標準）に規定する非居住者が第百六十一条第一項第十二号イ又はハ（国内源泉所得）に掲げる給与又は報酬の支払を受ける場合において、当該給与又は報酬について次編第五章（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収）の規定の適用を受けないときは、その者は、次条の規定による申告書を提出することができる場合を除き、その年の翌年三月十五日（同日前に国内に居所を有しないこととなる場合には、その有しないこととなる日）までに、税務署長に対し、次に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。

２前条に規定する退職手当等につき前項の規定による申告書を提出すべき者が、当該退職手当等について同条の選択をする場合には、その申告書に、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。

３第一項の規定による申告書を提出した非居住者は、当該申告書の提出期限までに、同項第三号に掲げる金額（前項の規定の適用を受ける者については、当該金額と同項第三号に掲げる金額との合計額）に相当する所得税を国に納付しなければならない。

第百六十九条（課税標準）に規定する非居住者がその支払を受ける第百七十一条（退職所得についての選択課税）に規定する退職手当等につき次編第五章（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収）の規定の適用を受ける場合において、当該退職手当等につき同条の選択をするときは、その者は、当該退職手当等に係る所得税の還付を受けるため、その年の翌年一月一日（同日前に同条に規定する退職手当等の総額が確定した場合には、その確定した日）以後に、税務署長に対し、次に掲げる事項を記載した申告書を提出することができる。

２前項の規定による申告書の提出があつた場合には、税務署長は、同項第三号に掲げる金額に相当する所得税を還付する。

３前項の場合において、同項の申告書に記載された第一項第二号に掲げる所得税の額（次編第五章の規定により徴収されるべきものに限る。）のうちにまだ納付されていないものがあるときは、前項の規定による還付金の額のうちその納付されていない部分の金額に相当する金額については、その納付があるまでは、還付しない。

４第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の規定による申告書の提出があつた日（同日後に納付された前項に規定する所得税の額に係る還付金については、その納付の日）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

５前二項に定めるもののほか、第二項の還付の手続その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

内国法人に対して課する所得税の課税標準は、その内国法人が国内において支払を受けるべき次に掲げるものの額（第十号に掲げる賞金については、その額から政令で定める金額を控除した残額）とする。

内国法人に対して課する所得税の額は、次の各号の区分に応じ当該各号に掲げる金額とする。

第七条第一項第四号（内国法人の課税所得の範囲）及び前二条の規定は、内国法人である信託会社（金融機関の信託業務の兼営等に関する法律により同法第一条第一項（兼営の認可）に規定する信託業務を営む同項に規定する金融機関を含む。次項において「内国信託会社」という。）が、その引き受けた証券投資信託（国内にある営業所に信託されたものに限る。）の信託財産に属する公社債、合同運用信託、投資信託若しくは特定受益証券発行信託の受益権、社債的受益権、株式又は出資（以下この項において「公社債等」という。）につき国内において第二十三条第一項（利子所得）に規定する利子等（以下この条において「利子等」という。）又は第二十四条第一項（配当所得）に規定する配当等（以下この条において「配当等」という。）の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該利子等又は配当等については、適用しない。

２第七条第一項第四号及び前二条の規定は、内国信託会社が、その引き受けた第十三条第三項第二号（信託財産に属する資産及び負債並びに信託財産に帰せられる収益及び費用の帰属）に規定する退職年金等信託（国内にある営業所に信託されたものに限る。）の信託財産に属する公社債、合同運用信託、投資信託若しくは特定受益証券発行信託の受益権、社債的受益権、株式、出資又は匿名組合契約に基づく権利（以下この項において「公社債等」という。）につき国内において利子等、配当等又は第百七十四条第九号（内国法人に係る所得税の課税標準）に掲げる利益の分配の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該利子等、配当等又は利益の分配については、適用しない。

３内国法人がその引き受けた第十三条第三項第一号に規定する集団投資信託（国内にある営業所に信託されたものに限る。以下この条において「集団投資信託」という。）の信託財産について納付した所得税（当該所得税の課せられた収益を分配するとしたならば当該収益の分配につき第百八十一条（源泉徴収義務）又は第二百十二条（源泉徴収義務）の規定により所得税を徴収されるべきこととなるものに対応する部分（第九条第一項第十一号（非課税所得）に掲げるもののみに対応する部分を除く。）に限り、外国の法令により課される所得税に相当する税で政令で定めるものを含む。次項において同じ。）の額は、政令で定めるところにより、当該集団投資信託の収益の分配に係る所得税の額から控除する。

４前項の規定により控除すべき集団投資信託の信託財産について納付した所得税の額は、当該集団投資信託の収益の分配の額の計算上、当該収益の分配の額に加算する。

５前項に定めるもののほか、第三項の内国法人が集団投資信託の収益の分配の支払を受ける者に行う通知に関する事項、その者が第百二十条第一項（確定所得申告）の規定による申告書に記載する同項第三号に掲げる所得税の額から控除する同項第四号に規定する源泉徴収税額に関する事項その他第三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第七条第一項第四号（課税所得の範囲）、第百七十四条（内国法人に係る所得税の課税標準）及び第百七十五条（内国法人に係る所得税の税率）の規定は、内国法人（一般社団法人及び一般財団法人（公益社団法人及び公益財団法人を除く。）、労働者協同組合、人格のない社団等並びに法人税法以外の法律によつて法人税法第二条第六号（定義）に規定する公益法人等とみなされているもので政令で定めるもの（次項において「一般社団法人等」という。）を除く。以下この条において同じ。）が支払を受ける当該内国法人の同法第二十三条第五項（受取配当等の益金不算入）に規定する完全子法人株式等に該当する株式等（同条第一項に規定する株式等をいい、当該内国法人が自己の名義をもつて有するものに限る。次項において同じ。）に係る第二十四条第一項（配当所得）に規定する配当等については、適用しない。

２第七条第一項第四号、第百七十四条及び第百七十五条の規定は、内国法人（当該内国法人が他の内国法人（一般社団法人等を除く。）の発行済株式又は出資（当該他の内国法人が有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額の三分の一を超える数又は金額の株式等を有する場合として政令で定める場合における当該内国法人に限る。）が支払を受ける当該他の内国法人の株式等（前項に規定する完全子法人株式等に該当する株式等を除く。）に係る第二十四条第一項に規定する配当等については、適用しない。

外国法人に対して課する所得税の課税標準は、その外国法人が支払を受けるべき第百六十一条第一項第四号から第十一号まで及び第十三号から第十六号まで（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得（政令で定めるものを除く。）の金額（第百六十九条第一号、第二号、第四号及び第五号（分離課税に係る所得税の課税標準）に掲げる国内源泉所得については、これらの規定に定める金額）とする。

外国法人に対して課する所得税の額は、次の各号の区分に応じ当該各号に定める金額とする。

第七条第一項第五号（外国法人の課税所得の範囲）及び前二条の規定は、恒久的施設を有する外国法人で政令で定める要件を備えているもののうち第百六十一条第一項第四号から第七号まで、第十号、第十一号、第十三号又は第十四号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得（同項第五号に規定する対価にあつては、第十三条第一項ただし書（信託財産に属する資産及び負債並びに信託財産に帰せられる収益及び費用の帰属）に規定する信託で国内にある営業所に信託されたものの信託財産に帰せられるものに係るものに限る。）でその外国法人の恒久的施設に帰せられるもの（第百六十一条第一項第四号に掲げる国内源泉所得にあつては、同号に規定する事業に係る恒久的施設以外の恒久的施設に帰せられるものに限る。以下この項において「対象国内源泉所得」という。）の支払を受けるものが、政令で定めるところにより、当該支払を受けるものが当該要件を備えていること及びその支払を受けることとなる国内源泉所得が対象国内源泉所得に該当することにつきその法人税の納税地の所轄税務署長（以下この条において「所轄税務署長」という。）の証明書の交付を受け、その証明書を当該国内源泉所得の支払をする者に提示した場合には、その証明書が効力を有している間に支払を受ける当該国内源泉所得については、適用しない。

２前項に規定する外国法人で同項に規定する証明書の交付を受けたものが、その交付を受けた後、同項に規定する要件に該当しないこととなり、又は恒久的施設を有しないこととなつた場合には、その該当しないこととなつた日又は有しないこととなつた日以後遅滞なく、政令で定めるところにより、その旨を所轄税務署長に届け出るとともに、その証明書の提示先にその旨を通知しなければならない。

３所轄税務署長は、第一項に規定する外国法人で同項に規定する証明書の交付を受けたものが、その交付を受けた後、同項に規定する要件に該当しないこととなり、又は恒久的施設を有しないこととなつたと認める場合には、当該証明書の交付を受けたものに対し、書面によりその旨を通知するものとする。

４前項の場合において、同項に規定する通知を受けた者は、当該通知を受けた日以後遅滞なく、第一項に規定する証明書の提示先に当該通知を受けた旨を通知しなければならない。

５所轄税務署長は、第二項の規定による届出があつた場合又は第三項の規定により通知をした場合には、財務省令で定めるところにより、当該届出をした者又は当該通知を受けた者の名称その他の財務省令で定める事項を公示するものとする。

６第一項に規定する証明書は、次に掲げる場合には、その効力を失う。

第七条第一項第五号（外国法人の課税所得の範囲）、第百七十八条（外国法人に係る所得税の課税標準）及び第百七十九条（外国法人に係る所得税の税率）の規定は、外国法人である信託会社（金融機関の信託業務の兼営等に関する法律により同法第一条第一項（兼営の認可）に規定する信託業務を営む同項に規定する金融機関を含む。次項において「外国信託会社」という。）が、その引き受けた第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）に規定する証券投資信託の信託財産に属する同項に規定する公社債等につき第百六十一条第一項第八号（同号ハを除く。）又は第九号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該国内源泉所得については、適用しない。

２第七条第一項第五号、第百七十八条及び第百七十九条の規定は、外国信託会社が、その引き受けた第百七十六条第二項に規定する退職年金等信託の信託財産に属する同項に規定する公社債等につき第百六十一条第一項第八号（同号ハを除く。）、第九号又は第十六号に掲げる国内源泉所得の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該国内源泉所得については、適用しない。

３外国法人がその引き受けた集団投資信託（第百七十六条第三項に規定する集団投資信託をいう。以下この条において同じ。）の信託財産について納付した所得税（当該所得税の課せられた収益を分配するとしたならば当該収益の分配につき次条又は第二百十二条（源泉徴収義務）の規定により所得税を徴収されるべきこととなるものに対応する部分（第九条第一項第十一号（非課税所得）に掲げるもののみに対応する部分を除く。）に限り、第百七十六条第三項に規定する外国の法令により課される所得税に相当する税で政令で定めるものを含む。次項において同じ。）の額は、政令で定めるところにより、当該集団投資信託の収益の分配に係る所得税の額から控除する。

４前項の規定により控除すべき集団投資信託の信託財産について納付した所得税の額は、当該集団投資信託の収益の分配の額の計算上、当該収益の分配の額に加算する。

５前項に定めるもののほか、第三項の外国法人が集団投資信託の収益の分配の支払を受ける者に行う通知に関する事項、その者が第百二十条第一項（確定所得申告）の規定による申告書に記載する同項第三号に掲げる所得税の額から控除する同項第四号に規定する源泉徴収税額に関する事項その他第三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。