道の区域内の指定区間外及び特別指定区間内の一級河川並びに指定河川（以下「国土交通大臣が管理する河川」という。）に係る流水占用料等の額は、当分の間、道知事が河川法第三十二条第一項の規定により徴収すべき流水占用料等の額とする。
道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水占用料等（以下「流水占用料等」という。）で、発電のためにする流水の占用等に係るものについては、四月一日から九月三十日までの間における流水の占用等に係る分又は十月一日から翌年三月三十一日までの間における流水の占用等に係る分ごとに、当該流水の占用等の許可又は登録に係る取水（設備の点検のためにするものを除く。）を始めた日の属する期間分にあつてはその取水を始めた日から一月以内に、その他の期間分にあつては当該期間の初日から一月以内にそれぞれ徴収するものとする。
２流水の占用等で発電のためにするもの以外のものに係る流水占用料等については、当該流水の占用等の許可又は登録があつた日から一月以内に（耕作のためにする土地の占用（養畜のための採草又は家畜の放牧のためにするものを含む。以下同じ。）に係る土地の占用にあつては、当該許可又は登録があつた日の属する年度の九月末日までに）、当該許可又は登録に係る流水の占用等に係る分を一括して徴収するものとする。ただし、当該流水の占用等の期間が当該許可又は登録があつた日の属する年度の翌年度以降にわたるときは、翌年度以降の流水占用料等は、毎年度、当該年度の初日から一月以内に（耕作のためにする土地の占用に係る土地占用料にあつては、九月末日までに）、当該年度分を徴収するものとする。
道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等で次の各号に掲げるものについては、流水占用料等を徴収しない。
２前項に規定するもののほか、国土交通大臣は、道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等に係る公益性の高い事業について特に必要があると認めるとき、又は道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等をする者について被災その他の特別の事情があると認めるときは、第一条の規定にかかわらず、当該流水の占用等をする者の申請に基づき、同条に規定する流水占用料等の額の範囲内において、当該流水の占用等に係る流水占用料等の額を別に定め、又は変更することができる。
３前項の規定による申請は、公益性の高い事業に着手した後又は被災その他の特別の事情のやんだ後一年以内に、別記様式による申請書を提出してしなければならない。
前条第二項の規定により流水占用料等を変更した場合において、既に納めた流水占用料等の額が当該変更後の額をこえるときは、そのこえる額の流水占用料等は返還するものとする。
この省令は、水防法及び河川法の一部を改正する法律の一部の施行の日（平成二十五年十二月十一日）から施行する。