国土調査法（昭和二十六年法律第百八十号。以下「法」という。）第二条第二項の規定による水調査の基準の設定のための調査（以下「水基本調査」という。）は、北海道開発法（昭和二十五年法律第百二十六号）第二条の北海道総合開発計画に従つて総合開発を行う地域及び大規模な電源開発を行う地域のうち、当該開発の実施のため又は地下水の水源の保全を図るための合理的な利用の確保のため緊急に調査を必要とする水系について行うものとする。
２水基本調査は、国土調査法施行令（昭和二十七年政令第五十九号。以下「令」という。）第十二条に規定する事業に併せて行われる場合又は特別の必要により行われる場合には、前項に規定する水系以外の水系についても行うことができる。
水基本調査において一水系ごとに行うべき作業は、当該水系における地下水調査に関する水基本調査については着手の日から起算して四箇年以内に、その他の水基本調査については水基本調査の調査の種類ごとに、それぞれ着手の日から起算して二箇年以内に完了することを目途として行うものとする。
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水基本調査を実施する者は、令第三条第一項第四号に掲げる国の機関又は都道府県であつて国土交通大臣が当該水系における水基本調査を行うのに適当であると認めた者とする。
２前項の規定により当該水系につき水基本調査を実施する者が二以上あるときは、国土交通大臣は、その作業の分担を示さなければならない。
３水基本調査を実施する者は、当該水系に属する区域に当該水系における水基本調査に関係がある調査を行う者があるときは、これらの者に対して水基本調査を効果的に行うのに必要な協力を求めるものとする。
４前二項の規定により水基本調査を実施する場合においては、当該関係者は、その作業につき相互に緊密な連絡及び協調を保つようにつとめるものとする。
５前項の目的を達成するため、当該関係者は、必要に応じて会合し、且つ、当該調査に関する計画及び実施の調整、資料の照合その他業務の整理を担当する者を定めるものとする。
水基本調査において行うべき作業は、水基本調査作業規程準則（昭和二十八年総理府令第三十五号）第三条に定めるところによる。但し、降水量調査並びに水位及び流量調査に関する水基本調査の作業は、水系ごとに必ず行うものとし、これらの作業以外の作業は、当該水系につき降水量調査並びに水位及び流量調査に関する水調査又はこれらに関する水基本調査が行われる場合に限つて行うものとする。
法第四条第一項又は法第五条第一項の規定により水基本調査に関する実施計画を作成しようとする場合には、左の各号に掲げる事項に留意するものとする。