民間学術研究機関の助成に関する法律（以下「法」という。）第二条に規定する民間学術研究機関で、その業務について文部科学大臣の監督に属するもの（以下「研究機関」という。）が、法第四条の規定により、法第三条の補助金（以下「補助金」という。）の交付を受けようとするときは、別表第一号様式による民間学術研究機関補助金交付申請書に、左の書類三通を添付して文部科学大臣に提出しなければならない。
２前項の申請書の提出期限は、毎年文部科学大臣が官報に告示する。
各年度において交付を受けた補助金は、翌年度以降において使用することはできない。
２交付を受けた補助金のうち、当該年度において使用しなかつた金額は、文部科学大臣に返還しなければならない。
補助金の交付を受けた研究機関は、補助金の経理を明らかにするため、別表第四号様式による現金出納簿を備え、補助金の収支を登記しなければならない。
２補助金の収支に関しては、領収書その他補助金の収支の事実を証する書類を整理し、前項の現金出納簿とともに三年間保存しなければならない。
研究機関は、補助金により購入した設備及び図書その他の備品については、明確にその旨を表示するとともに、その使途及び所在を明らかにする物品出納簿を作成しなければならない。
２前項の設備及び図書その他の備品は、譲渡し、又は担保に供してはならない。
補助金の交付を受けた研究機関は、当該年度経過後一月以内に、法第十二条の規定により、別表第五号様式による収支決算書三通を文部科学大臣に提出しなければならない。
補助金の交付を受けた研究機関は、当該年度における事業についてその年度経過後一月以内に、別表第六号様式による事業報告書三通を文部科学大臣に提出しなければならない。
この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。