地域保健法（以下「法」という。）第五条第一項の政令で定める市は、次のとおりとする。
法第五条第一項に規定する地方公共団体は、その区域（都道府県にあつては、前条に規定する市又は特別区の区域を除く。）をいずれかの保健所の所管区域としなければならない。
法第五条第一項に規定する地方公共団体の長は、当該地方公共団体において、保健所又はその支所を設置したときは、速やかに、厚生労働省令で定める事項を厚生労働大臣に報告しなければならない。
２法第五条第一項に規定する地方公共団体の長は、当該地方公共団体において、その設置した保健所又はその支所について、厚生労働省令で定める事項を変更したときは、速やかに、その旨を厚生労働大臣に報告しなければならない。保健所又はその支所を廃止したときも、同様とする。
保健所の所長は、医師であつて、次の各号のいずれかに該当する法第五条第一項に規定する地方公共団体の長の補助機関である職員でなければならない。
２前項の規定にかかわらず、法第五条第一項に規定する地方公共団体の長が医師をもつて保健所の所長に充てることが著しく困難であると認めるときは、二年以内の期間を限り、次の各号のいずれにも該当する医師でない同項に規定する地方公共団体の長の補助機関である職員をもつて保健所の所長に充てることができる。
３前項の場合において、やむを得ない理由があるときは、一回に限り、当該期間を延長することができる。ただし、二年を超えることはできない。
保健所には、医師、歯科医師、薬剤師、獣医師、保健師、助産師、看護師、診療放射線技師、臨床検査技師、管理栄養士、栄養士、歯科衛生士、統計技術者その他保健所の業務を行うために必要な者のうち、当該保健所を設置する法第五条第一項に規定する地方公共団体の長が必要と認める職員を置くものとする。
２前条第二項の規定により医師でない法第五条第一項に規定する地方公共団体の長の補助機関である職員をもつて保健所の所長に充てる場合（前条第三項の規定により当該期間を延長する場合を含む。）においては、当該保健所に医師を置かなければならない。
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保健所には、地方の実情に応じ、衛生上必要な試験及び検査の設備、エツクス線装置その他保健所の業務を行うために必要な設備を備えなければならない。
保健所の施設の利用又は保健所において行う業務については、左に掲げる場合に限り、使用料、手数料又は治療料を徴収することができる。但し、被徴収者が、経済的事情により、その全部又は一部を負担することができないと認められる場合においては、その全部又は一部については、この限りでない。
２前項に規定する使用料、手数料又は治療料の額は、実費に相当する額とする。
３法第五条第一項に規定する地方公共団体の長は、当該地方公共団体において、第一項に規定する使用料、手数料又は治療料の種類及び額を定め、又は変更したときは、速やかに、厚生労働大臣に報告しなければならない。
法第十五条の規定による国の補助は、各年度において、次の各号に掲げる費用の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める額について行う。
厚生労働大臣は、法第十六条第二項の助言又は勧告をするため必要があると認めるときは、法第五条第一項に規定する地方公共団体の長に対し、保健所の事業の実施の状況に関する報告を求めることができる。
法第二十四条第一項の規定により都道府県が、町村の申出に基づき、同項に規定する人材確保支援計画（以下単に「人材確保支援計画」という。）を定めることができる場合は、人口規模等からみて、当該町村においては地域保健対策を円滑に実施するための人材を確保し、又はその資質の向上に必要な措置を実施できる見込みがない場合とする。
法第二十五条第一項の規定による国の補助は、人材確保支援計画に定められた法第二十四条第二項第二号の事業（以下「人材確保支援事業」という。）のうち、次に掲げる要件に適合するものに要する費用について行う。
この政令は、公布の日から、これを施行する。
昭和十二年勅令第三百三十五号及び昭和十二年勅令第三百三十六号は、これを廃止する。
法附則第二条第二項の政令で定める期間は、五年（二年の据置期間を含む。）とする。
２前項の期間は、日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法（昭和六十二年法律第八十六号）第五条第一項の規定により読み替えて準用される補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）第六条第一項の規定による貸付けの決定（以下「貸付決定」という。）ごとに、当該貸付決定に係る法附則第二条第一項の規定による国の貸付金（以下「国の貸付金」という。）の交付を完了した日（その日が当該貸付決定があつた日の属する年度の末日の前日以後の日である場合には、当該年度の末日の前々日）の翌日から起算する。
３国の貸付金の償還は、均等年賦償還の方法によるものとする。
４国は、国の財政状況を勘案し、相当と認めるときは、国の貸付金の全部又は一部について、前三項の規定により定められた償還期限を繰り上げて償還させることができる。
５法附則第二条第五項の政令で定める場合は、前項の規定により償還期限を繰り上げて償還を行つた場合とする。
この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
この政令の施行前に第五条の規定による改正前の地域保健法施行令第九条第一項の規定によりされた保健所の設置の承認は、第五条の規定による改正後の地域保健法施行令第九条第一項の規定によりされた保健所の設置の同意とみなす。
この政令は、平成十三年四月一日から施行する。
この政令は、保健婦助産婦看護婦法の一部を改正する法律の施行の日（平成十四年三月一日）から施行する。
この政令は、公布の日から施行する。
この政令は、公布の日から施行する。
この政令は、平成十五年四月一日から施行する。
この政令は、平成十七年四月一日から施行する。
この政令は、平成十七年十月一日から施行する。
この政令は、臨床検査技師、衛生検査技師等に関する法律の一部を改正する法律（以下「平成十七年改正法」という。）の施行の日から施行する。
平成十七年改正法附則第三条第一項に規定する者については、前条の規定による改正前の地域保健法施行令第五条第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「衛生検査技師」とあるのは、「臨床検査技師、衛生検査技師等に関する法律の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十九号）附則第三条第一項に規定する者」とする。
この政令は、平成十九年四月一日から施行する。
この政令は、平成二十年四月一日から施行する。
この政令は、平成二十一年四月一日から施行する。
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
この政令は、令和六年四月一日から施行する。